Что значит новый штамм коронавируса
В Центре Гамалеи оценили будущее нового штамма коронавируса
Вирусолог, доктор медицинских наук, профессор, главный сотрудник НИЦ эпидемиологии и микробиологии имени Гамалеи Анатолий Альтштейн оценил, способен ли новый омикрон-штамм коронавируса спровоцировать новую волну заболевания к Новому году. Об этом специалист рассказал в интервью радио Sputnik.
Будущее вируса
Ученый центра Гамалеи заявил, что омикрон-штамм не сможет широко распространиться до Нового года, поскольку для этого вирусу понадобится около полугода. В качестве доказательства он напомнил о дельта-варианте инфекции, который возник осенью 2020 года. Однако его стали часто фиксировать только в мае-июле 2021 года. По мнению Альтштейна, распространение омикрон-штамма может привести к завершению пандемии коронавируса.
Даже если окажется, что он так заразен, что распространится по всему миру, то это будет более легкое заболевание, чем есть сейчас, может быть, даже гораздо более легкое
Особенности омикрон-штамма
Альтштейн подчеркнул, что омикрон-вариант патогена не провоцирует тяжелое течение COVID-19. Этот штамм обладает множеством мутаций, поэтому он обладает нестабильным геномом, предположил профессор.
Материалы по теме
Очередная атака COVID-19
«Есть повод для паники»
Именно нестабильный геном омикрон-штамма подавляет те части вируса, которые ведут к тяжелому заболеванию. Ученый объяснил: среди зафиксированных случаев заражения новым вариантом нет ни одного летального исхода. Об этом также заявляли во Всемирной организации здравоохранения. Все пациенты переносят болезнь в легкой форме.
Однако ученый допустил, что «будущее может подорвать его гипотезу», поскольку на данный момент омикрон-штаммом, возможно, еще не заразились пожилые люди. «Если дойдет, будет видно», — отметил он. По данным на 3 декабря, новый омикрон-штамм коронавирусной инфекции зафиксировали уже в 38 странах мира.
Но пока «омикрон» не производит впечатление вируса, страшного по своим последствиям
Прогноз на пандемию
Вирусолог добавил, что степень контагиозности или заразности «омикрона» получится оценить только со временем. Однако он допустил, что появление и распространение нового штамма коронавируса может привести к завершению пандемии.
Если по летальности коронавирус будет сопоставим с гриппом, тогда уже будем считать, что пандемия закончена. Пандемия имеет шанс закончиться с «омикроном»
Ученый предположил, что «омикрон» может вытеснить дельта-штамм, в результате чего пандемия станет менее опасной. Он подчеркнул, что от COVID-19 умирают около трех процентов пациентов. Однако при активном распространении омикрон-штамма патогенность — способность вируса приводить к заболеванию — снизится.
Мнения других экспертов
Другой российский ученый, главный инфекционист Федерального медико-биологического агентства (ФМБА), завкафедрой инфекционных болезней и эпидемиологии РНИМУ имени Пирогова Владимир Никифоров также связал приход омикрон-штамма с концом пандемии. Он подчеркнул, что вирус «начал скатываться в область обычных сезонных респираторных инфекций».
Материалы по теме
«Всегда будут несогласные»
«Легкая эпидемия слабоумия»
Омикрон может стать доминирующим штаммом в России в ближайшие полгода, заявил академик РАН, микробиолог, научный руководитель ГУ НИИ вакцин и сывороток имени Мечникова Виталий Зверев. Однако он добавил, что считает дискуссии на эту тему преждевременными, поскольку подобные случаи пока не наблюдаются нигде в мире.
Врач аллерголог-иммунолог Владимир Болибок допустил, что омикрон-штамм коронавируса может стать природной вакциной и спасти человечество от пандемии. Он также считает, что новый вариант «побежит впереди всех остальных штаммов и всех проиммунизирует».
3 декабря глава Министерства здравоохранения Михаил Мурашко заявил, что в России отсутствует омикрон-штамма коронавируса. Он отметил, что ведомство мониторит ситуацию и отслеживает тех, кто прибывает из стран, где уже обнаружили новый вариант COVID-19. Россия направила запросы для получения образцов «омикрона», однако этот процесс займет определенное время.
Новый штамм под кодом B.1.1.529 впервые зафиксировали в Южной Африке 8 ноября. Единичные случаи заражения также зарегистрированы в Японии, Канаде, Испании, Швеции, Египте, Австрии, США и других странах. Новому варианту COVID-19 присвоили греческую букву «омикрон» (О). Эксперты ВОЗ считают эту мутацию вызывающей беспокойство.
«Есть повод для паники» Чем опасен новый штамм коронавируса и что ждать от омикрона россиянам? Отвечает биолог
Фото: Роман Яровицын / AP
Пока в России доминирующим штаммом коронавируса считается дельта, за пределами страны появляются все новые и новые варианты инфекции. 11 ноября стало известно о возникновении так называемого омикрон-штамма. Его выявили в Южной Африке, а к концу месяца по всему миру начали всерьез из-за него переживать: считается, что новый вариант коронавируса опаснее предыдущих, а риск заражения омикроном есть даже у переболевших COVID-19. В Кремле заявили, что вопрос локдауна пока не рассматривается, но специалисты будут действовать по ситуации. В РФПИ уже занялись исследованием эффективности существующих вакцин против омикрона. Насколько опасен новый вариант вируса для России, чем он отличается от дельты и насколько эффективны против него современные препараты, «Лента.ру» спросила доктора биологических наук, профессора Школы системной биологии Университета Джорджа Мейсона (Вирджиния, США) Анчу Баранову.
Что за новый штамм на нас напал?
Баранова: Повод для паники есть, но пока чисто биоинформатический. Находки опасных мутаций — в сиквенсе вируса, то есть чисто предсказательные. Как этот штамм поведет себя в европейских популяциях, еще предстоит увидеть. И как его нейтрализуют антитела, выработанные от вакцин, тоже предстоит увидеть. Равно как и предстоит оценить скорость распространения нового штамма в популяциях, где сейчас идет волна дельты. В течение двух недель станет все более-менее понятно.
Чего боятся биологи?
В сиквенсе вируса вызывают опасения места, в которых произошли мутации. Вот есть S-белок коронавируса (шип). У него есть рецептор-связывающий домен (RBD), с помощью которого вирус проникает в клетку человека. Это такая болвашка, которая торчит на S-белке, и к ней цепляются нейтрализующие антитела. Так вот на этой болвашке десять мутаций. То есть сохранных мест, куда могли бы подцепиться антитела, там довольно мало, основные площадки для антител выбиты, их просто нет.
Получается, что антитела не могут уверенно распознать S-белок, а значит, не могут облепить собой вирус и обезвредить его. И это самая большая опасность, тем более что мы уже знаем, что люди, заболевшие омикроном в Гонконге, были полностью провакцинированы
Мутации омикрона могут говорить о том, что инфицированные будут переносить болезнь тяжелее?
Мы об этом пока ничего не знаем. В чатах, где коллекционируют лучшие юморески про коронавирус, недавно появился новый мем: «Главный симптом омикрона — чудовищная усталость». Тут же ответ на картинке: «А, значит, я буду чувствовать себя как обычно. Что тогда волноваться?».
Просто пока все люди, что заболели в Южной Африке, — молодые. Там такая структура населения. По ней сложно реальную картину представить, пожилых не было. Вот когда придут данные из Европы — тогда и узнаем.
Фото: Denis Farrell / AP
Количество мутаций в омикроне в несколько раз больше, чем в «ужасной» дельте. Как так получилось, что эволюция вируса прошла незаметно для человечества? Не было выявлено до этого никаких предшественников омикрона?
Это как раз легко объяснить. В Южной Африке полно ВИЧ-инфицированных. И они не получают терапию в достаточном объеме. Один месяц пьют таблетки, а на другой — нет денег на лекарства. Поэтому у них все время полускомпенсированное иммунное состояние. В Африке очень много людей, способных к длительному носительству коронавируса, для них он становится хроническим заболеванием. А когда вирус сидит в одном и том же организме долгое время, и при этом на него развивается какой-никакой субстандартный иммунный ответ, у этого вируса появляются условия для эволюции.
Можно ли одновременно заразиться сразу двумя штаммами коронавируса — дельтой и омикроном?
В теории, наверное, можно. Удача — такая случайная вещь. Наверное, можно пофантазировать, что кому-то «повезет»: сначала один вирус начихали и тут же — другой. Но эти вирусы начнут конкурировать между собой, чтобы занять человеческие клетки. Точно так же, как будут конкурировать вирусы в популяции. Когда идет конкуренция, то, как правило, вирусы не идут друг с другом нос в нос длительное время. Кто-то начинает побеждать и занимает все пространство.
То есть для человека неважно, инфицировался он тремя, двумя штаммами или одним. На раннем этапе какая-то из разновидностей вируса победит. Чтобы несколько вариантов коронавируса остались надолго — это вряд ли.
Однако инфицирование сразу коронавирусом и вирусом какой-то другой разновидности простуды — бывает. Такая картина примерно у десяти процентов больных. Течет обычно как простой коронавирус.
А вот ситуация, когда в результате внутренней эволюции у конкретного человека могут возникнуть два разных клона одного и того же вируса, более опасна
Например, человек лечится глюкокортикостероидами (синтетические гормоны, которые используются при неотложных состояниях, — прим. «Ленты.ру») и при этом долго лежит на аппарате искусственной вентиляции легких. Его пытаются спасти. Как раз такие больные и служат резервуарами для появления новых вариантов вируса. Но выбора у нас тут нет — именно с помощью глюкокортикостероидной терапии спасаются жизни.
По статистике, в африканских странах по сравнению с другими мало коронавируса. Почему? Там просто плохой учет?
Есть теория гигиены, моя любимая. И мне кажется, что в случае с коронавирусом тоже что-то от нее есть. Чем чистоплотнее люди, чем меньше их дети ползают в грязи, тем больше вылезает потом каких-то аллергий и чего-то еще. То есть грязь в каких-то количествах полезна. Эту теорию не я придумала, она достаточно широко обсуждается. Но это одна из гипотез того, почему в Африке так мало тяжелых случаев ковида. Например, европейцы активно истребляют тех же глистов — остриц. Нам неприятно думать, что в нашем организме черви. А в Африке никуда особо от этого не денешься. Нравится, не нравится — у многих детей есть острицы. Эти глисты учат иммунную систему не особо сильно реагировать на чужеродные антигены, поэтому там гораздо меньше астмы и аллергии.
Фото: Alkis Konstantinidis / Reuters
С ковидом — та же самая история. Когда ковидом болеют в легком режиме, покашлял немного, потемпературил — это не трагедия. Трагедия — когда возникает цитокиновый шторм. А этот шторм — гиперреакция иммунной системы организма, по каким-то компонентам можно назвать ее аллергической реакцией. У европейцев иммунитет в основном нетренированный, поэтому наша иммунная система начинает сходить с ума. А если бы она раньше встречалась с какими-то антигенами-глистами, она бы привыкла с ними жить.
Гипотеза чистоты, конечно, не единственная — здесь и малый вклад пожилых в структуру африканских популяций, ну и, конечно, не слишком интенсивное тестирование.
Есть вероятность, что омикрон со временем исчезнет?
Всегда есть такая вероятность. Никто не видел, как этот штамм взаимодействует в популяции с дельтой.
Представьте себе футбольное поле, на котором три кочки. Футболист по полю бегает. Шансов, что он врежется в кочку, довольно мало. А если на этом поле 500 кочек, то шансов гораздо больше. Если футболист будет между ними бегать, то получится вынос мозга, а не игра. Когда «футбольное поле» занято дельтой — а этот штамм лидирует и в США, и в России, — новый вирус прийти туда и захватить территорию так просто не может. А в Африке — может. Поэтому то, что омикрон так быстро начал расти в Африке в базах данных по количеству, еще не значит, что он так же быстро начнет расти в Европе, России и США. Но это мы скоро увидим по результатам внутренней трансмиссии вируса в тех странах, куда этот новый штамм прилетел.
А если начнет вытеснять дельту, как спасаться?
Тогда нужно будет делать новую вакцину
Утешительный приз: все наработанные схемы лечения продолжат работать. Мутации омикрона на них никак не влияют. То есть омикрон все же пока не Мегатрон (главный антагонист франшизы «Трансформеры» — прим. «Ленты.ру»).
Так ли страшны новые штаммы? Ответы на самые важные вопросы о мутациях коронавируса
Появление новых штаммов коронавируса, имеющих необычные свойства, вызывают тревогу людей во всем мире. Руководитель научной группы разработки новых методов диагностики заболеваний человека Центрального научно-исследовательского института эпидемиологии Роспотребнадзора Камиль Хафизов рассказал о том, что сейчас известно о мутациях COVID-19 и нужно ли будет ежегодно от него прививаться, как мы это делаем в случае с гриппом.
— Сколько всего штаммов коронавируса выявлено на сегодняшний день в мире?
— В первую очередь стоит обратиться к определению штамма вируса как некоторого варианта патогена, который обладает уникальными и стабильными фенотипическими характеристиками. При этом стоит отметить, что вирусы, особенно РНК-содержащие, постоянно мутируют, перебирая разные варианты изменений в геноме, и даже внутри одного человека может содержаться множество версий одного вируса, отличающихся отдельными изменениями в геноме, которые далеко не всегда приводят к образованию нового штамма.
Варианты SARS-CoV-2 циркулируют во всем мире, и после появления некоторые варианты довольно быстро исчезают, другие, наоборот, закрепляются в популяции, процесс динамический. Сколько всего штаммов нового коронавируса существует в природе на данный момент, неизвестно, в том числе из-за размытости самого понятия и факта того, что свойства многих геновариантов вируса пока не изучены.
Так, популярный ресурс PANGO lineages выделяет значительное число отдельных линий патогена, и различные организации во всем мире изучают варианты вируса, чтобы понять, являются ли они более контагиозными, изменяющими тяжесть течения заболевания, детектируемыми доступными диагностическими тестами, отвечающими на терапию, изменяющими эффективность вакцин против COVID-19 и т.п. Потому куда чаще термин «штамм» используется для каких-то особо интересных вариантов патогена, как, например, британского или южноафриканского, которые характеризуются ключевыми изменениями в геноме и имеют важные (часто выгодные патогену) свойства. Так, было введено понятие VoC (от англ. Variants of Concern. — Прим. ред.) — «варианты, вызывающие беспокойство», к которым сейчас причисляют несколько штаммов, включая вышеперечисленные.
— Сколько из них есть в России?
— Строгого ответа нет. Какая-то доля всех штаммов коронавируса, которые распространяются на планете, есть уже и в России, какие-то будут завезены в будущем, какие-то появятся у нас в стране независимо. Ученые во многих лабораториях в мире и в нашей стране сейчас проводят активную работу по секвенированию геномов патогена из различных регионов, чтобы как можно быстрее выявлять новые варианты, мониторить скорость их распространения, устанавливать источники заносов из-за рубежа, определять свойства, корректировать тест-системы в случае необходимости. Из известных штаммов в РФ были выявлены британский, южноафриканский, индийский и несколько локальных.
— Какие штаммы коронавируса самые опасные и проникают внутрь всего организма, а какие — наоборот?
— Как уже говорил выше, само определение штамма подразумевает новые стойкие свойства патогена. Чаще всего приходится иметь дело либо с повышенной заразностью вируса (как, например, в случае с британским штаммом, который, по различным оценкам, примерно на 50% более заразен, чем другие, «старые» версии), либо же со снижением эффективности связывания с нейтрализующими антителами, возникшими после вакцинации или перенесенного ранее заболевания (так в случае с южноафриканским вариантом).
При этом сразу хотел бы отметить, что уменьшение эффективности вовсе не означает отсутствие защиты, но она может быть несколько снижена. В любом случае всячески выступаю за вакцинацию, которая если и не защитит на 100% от заболевания, то может кардинально снизить тяжесть его протекания.
— Какие штаммы наиболее всего распространены в Москве, какими больше всего болеют в России?
— За последнее время мы видим несколько сотен завозов британского штамма как по России, так и в Москве, что вполне ожидаемо ввиду его свойств. Появляются и некоторые локальные российские версии вируса, у которых встречаются мутации в геноме, характерные для британского и южноафриканского вариантов, но пока преждевременно говорить о том, что они действительно обладают какими-то особыми для людей свойствами. По этой же причине мы не хотели бы сейчас раздавать новые имена таким вариантам, по крайней мере до накопления достаточного объема данных.
— От всех ли штаммов болезнь длится одинаково или есть разница?
— В какой-то момент появилась информация, что пациенты с британским вариантом инфекции болеют тяжелее, и летальность в таких случаях выше. Это впоследствии было опровергнуто другими исследованиями, и с тех пор я не видел новой информации. Похожая информация появлялась и про калифорнийский вариант.
Нужно отметить, что тяжесть протекания заболевания зависит от множества факторов, и, как известно, многие вообще переносят болезнь бессимптомно, кто-то же крайне тяжело. Такие факторы, как наличие сопутствующих заболеваний, общее состояние организма, возраст, играют существенно большую роль в развитии тяжелой болезни, чем наличие мутаций в геноме патогена, по крайней мере известных на данный момент.
— Может ли бы такое, что к одному штамму коронавируса у человека есть иммунитет, а к другому нет?
— Перенесенная ранее коронавирусная инфекция или вакцинация в норме вызывают иммунный ответ, и в результате в организме появляются нейтрализующие антитела, хотя защита обусловлена не только ими, потому не стоит пугаться, даже если уровень антител невысок или падает. Но да, мы уже знаем, что ряд мутаций в геноме нового коронавируса приводит к изменениям в структуре его белков, придавая патогену новые свойства, иногда удачные для патогена, в том числе с точки зрения снижения связывания нейтрализующими антителами. Потому точно ответить, что к одному штамму у человека есть иммунитет, а к другому нет, нельзя, но эффективность защиты может быть разной, в зависимости от того, с каким новым вариантом вируса вновь встретился пациент.
В связи с этим достаточно вероятна ситуация, что вакцины против нового коронавируса придется периодически обновлять и иммунизироваться ежегодно, как это сейчас происходит с тем же вирусом гриппа. Думаю, к осени мы накопим достаточное количество данных по эффективности существующих вакцин против новых штаммов. Потому еще раз говорю: на данный момент известных причин избегать вакцинации нет, если только нет прямых противопоказаний по состоянию здоровья.
Пять новых штаммов коронавируса: чем опасны и чего от них ждать?
Гид по новым вариантам (штаммам) вируса, вызывающего COVID-19 и генетическим изменениям, которые могут сделать его более контагиозным и неуловимым для иммунной системы.
Когда прошлой зимой коронавирус SARS-CoV-2 ворвался в мир, ученым стало ясно, что дело плохо, но они посчитали, что вирус, по крайней мере, стабилен. Коронавирусы не мутируют так быстро, как, например, вирусы гриппа, гепатита или ВИЧ, — отчасти благодаря системе молекулярного редактирования, которую SARS-CoV-2 и родственные ему вирусы используют для предотвращения злокачественных генетических ошибок при репликации.
Но ученые были правы лишь наполовину. Вирус и правда не принес ничего хорошего — но оказалось, что и стабильностью он не отличается. С тех пор, как SARS-CoV-2 «перепрыгнул» с животных на людей, он накапливал незначительные случайные мутации: как однобуквенные «опечатки» в генетической последовательности вируса, так и вставки или выпадение более длинных фрагментов вирусной РНК. Большинство мутаций либо убивают вирус, либо никак не меняют его строение и поведение.
Но недавно было обнаружено несколько новых штаммов оригинального вируса (его также называют «вирусом дикого типа»), мутации которых, похоже, сильно влияют на его свойства, в том числе на контагиозность. Эти штаммы были обнаружены один за другим в разных географических регионах (Великобритания, ЮАР, Бразилия) и в некоторых случаях стали доминировать над штаммами, распространенными в этих регионах ранее. Одновременное появление сразу нескольких штаммов в поле зрения ученых частично объясняется улучшением технологий мониторинга случаев заражения и увеличением объемов секвенирования вирусов. Однако схожесть паттернов мутаций в новых штаммах может указывать на то, что эти изменения не случайны.
«Мы видим, как похожие мутации появляются в разных местах, — говорит Адам Лоринг, вирусолог из Мичиганского университета. — Это наводит на размышления о том, что они для чего-то нужны».
Пока что известно, что эти мутации помогают вирусу легче передаваться от человека к человеку и оставаться незамеченным иммунной системой. В январе ученые впервые сообщили, что антитела людей, переболевших COVID-19, не полностью нейтрализуют штамм вируса, обнаруженный в ЮАР. Кроме того, похоже, несколько человек, перенесших COVID-19, повторно заразились мутантным штаммом.
По последним данным, вакцины, производимые компаниями Moderna и Pfizer, скорее всего, защищают и от новых штаммов коронавируса. Разработчики «Спутника V» также заявили о его эффективности против мутировавшего вируса. Эффективность вакцин этих производителей превышает 90 %, поэтому, по мнению экспертов, даже при небольшом снижении этой цифры их все равно стоит использовать.
«Я рад, что это не лишает смысла [использование вакцин от COVID-19], но, очевидно, требует пристального внимания», — говорит Лоринг. Он добавляет, что на протяжении следующих лет компаниям, возможно, придется изменить эти вакцины и начать вводить пациентам новые их версии — подобно тому, как каждый год меняют вакцины от гриппа. Большинство вакцин вызывают намного более сильный иммунный ответ, чем естественное заражение вирусом. Во время клинических испытаний своей вакцины компания Moderna показала, что антитела, вырабатываемые после вакцинации, остаются в организме дольше, чем антитела, вырабатываемые при естественном заражении SARS-CoV-2.
по теме
Эпидемия
Вакцины, антитела, антигены. Гид по иммунологии для чайников
Ниже перечислены пять наиболее значимых штаммов коронавируса в порядке обнаружения учеными. В списке указано место первого выявления каждого из них и официальные названия штаммов или обозначения, используемые исследователями. (Разные группы исследователей используют разные способы обозначения штаммов, что вызвало путаницу. В этом списке использованы наименования, основанные на филогенетическом происхождении штаммов, но некоторые варианты вируса все равно имеют больше одного названия). Также здесь приведены важные мутации каждого штамма (названия мутаций состоят из букв и цифр, обозначающих позицию мутации в геноме вируса) и известная информация о том, что эти мутации делают.
Испания
Штамм 20A.EU1, впервые выделенный в Испании, содержит мутацию A222V в последовательности белка шипа. Шип — структура вируса SARS-CoV-2, которая связывается с рецепторами клеток ACE2 человека, помогая вирусу проникать внутрь этих клеток при заражении. Кроме того, именно с шипами связываются антитела человека, вырабатываемые для иммунного ответа на инфекцию. Лабораторные исследования показали, что человеческие антитела немного менее эффективно нейтрализуют вирусы с мутацией A222V. За несколько месяцев штамм 20A.EU1 стал доминирующим в Европе. Тем не менее эпидемиологи не наблюдали доказательств того, что этот штамм быстрее передается от человека к человеку, чем оригинальный вирус. Исследователи считают, что штамм, который на тот момент доминировал в Испании, распространился по всему континенту, когда в Европе начали ослаблять ограничения на перемещение.
Великобритания
Британские ученые наблюдали за штаммом B.1.1.7 некоторое время, прежде чем объявили в декабре, что он может передаваться как минимум на 50 % активнее, чем вирус дикого типа. Это заявление было основано на эпидемиологических данных, указывающих, что вирус нового штамма быстро распространяется среди населения, и привело к запретам на пересечение границ и усилению карантинных мер в Великобритании.
Штамм B.1.1.7 содержит 17 мутаций, некоторые из них затрагивают белок шипа. Было обнаружено, что одна из этих мутаций, N501Y, помогает вирусу прочнее связываться с рецепторами клеток ACE2. Однако пока неясно, обусловлена ли повышенная контагиозность данного штамма только этой мутацией или еще какими-либо изменениями структуры шипа.
Несмотря на первоначальное беспокойство, не было найдено подтверждений тому, что этот штамм более заразен для детей в сравнении с оригинальным, говорит Шерон Пикок, исполнительный директор Консорциума Великобритании по геномике COVID-19 (COG-UK), группы, анализирующей генетические изменения вируса. И Pfizer, и Moderna считают, что их вакцины от COVID-19 будут работать и против штамма B.1.1.7. Недавние данные из Великобритании указывают на то, что новый штамм может быть более летален по сравнению с диким типом, но это пока только предварительные результаты.
Штамм B.1.1.7 выделяется на фоне других, потому что он накопил так много мутаций. Лоринг и другие исследователи полагают, что эти мутации могли возникнуть при длительном заражении одного пациента с ослабленным иммунитетом, из-за чего организм пациента не мог побороть вирус. По словам Скотта Вивера, микробиолога из медицинского подразделения Техасского университета в Галвестоне, возможно, только некоторые из этих генетических изменений дали штамму эволюционное преимущество и позволили ему быстро распространиться по Великобритании. Остальные мутации просто остались в геноме за компанию.
Штамм B.1.351 появился в поле зрения ученых примерно в то же время, что и британский B.1.1.7. B.1.351 быстро распространился и стал доминантным вариантом вируса в ЮАР. Как и европейский штамм, B.1.351 содержит мутацию N501Y, хотя данные указывают, что два этих штамма возникли независимо друг от друга. Но ученых больше беспокоит другая мутация в африканском штамме, обозначаемая E484K. Это изменение в геноме, возможно, помогает вирусу избегать иммунного ответа и действия вакцин.
Эволюционный биолог и биоинформатик из Онкологического исследовательского центра Фреда Хатчинсона в Сиэтле Джесс Блум с командой с помощью клеток дрожжей создали серию вирусных белков-шипов, содержащих практически все из более 3800 возможных изменений в структуре, которые могут быть вызваны генетическими мутациями. Затем исследователи протестировали, насколько хорошо антитела связывались с каждым из этих видоизмененных шипов. Они обнаружили, что в результате мутации E484K и других похожих мутаций в этом конкретном участке белка антитела некоторых людей в 10 раз хуже связывались с шипами коронавируса. Команда Блума также показала, что некоторые коктейли из антител (подобные коктейли в настоящий момент тестируют фармацевтические и биотехнологические компании Regeneron и Eli Lilly) могут быть менее эффективными при наличии мутаций, которые имеются в штамме B.1.351.
В конце января ученые из ЮАР опубликовали препринт (научная статья, которая еще не прошла независимую рецензию), в котором показали, что сыворотка крови пациентов с COVID-19, содержащая антитела, значительно менее эффективно могла нейтрализовать новый штамм. В другом препринте, опубликованном 26 января, ученые сообщают, что они добавили вирус B.1.351 в сыворотку крови, взятую у людей, которым ранее ввели вакцину производства Pfizer или Moderna. В результате антитела в такой сыворотке проявляли сниженную нейтрализующую активность по отношению к мутантному вирусу в сравнении с вирусом дикого типа.
Однако антитела в пробирке — не то же самое, что вакцина в организме живого человека. В результате применения любой из упомянутых вакцин организм производит столько антител, что даже при сниженной активности их может быть достаточно для нейтрализации вируса. Вакцины также запускают работу других защитных механизмов иммунной системы. Тем не менее Moderna начала разработку бустерной вакцины, специфичной по отношению к новым штаммам.
Бразилия
В январе ученые сообщили об обнаружении двух новых вариантов коронавируса в Бразилии, происходящих от общего предка. Но хотя у этих двух штаммов есть общие мутации с вариантами, обнаруженными в других регионах, по всей вероятности, они возникли независимо.
Из этих двух штаммов ученых больше беспокоит P.1. Он содержит больше мутаций, чем Р.2 (хотя оба штамма имеют мутацию E484K), и уже был обнаружен в Японии и других странах. Возможно, Р.1 накопил свои мутации в организме пациента с ослабленным иммунитетом. Но генетик Эмма Ходкрофт из Бернского университета в Швейцарии говорит, что в этом случае может быть сложнее определить точное время и место возникновения штамма, поскольку в Бразилии секвенируют гораздо меньше образцов вируса, чем в Великобритании.
Ходкрофт отмечает, что в 2020 году и в Бразилии, и в ЮАР были крупные вспышки COVID-19. При таком большом количестве зараженных людей, вырабатывающих антитела к вирусу, штамм, способный избегать распознавания иммунной системой и повторно заражать уже переболевших людей, мог иметь значительное преимущество и широко распространиться в популяции.
Распространение и изменение вирусов
Хотя кажущееся внезапным появление нескольких вариантов белка шипа является причиной для беспокойства, по словам исследователей, пока нет доказательств, что коронавирус претерпел какие-либо принципиальные изменения, позволяющие ему мутировать быстрее. По мнению Лоринга, более вероятно, что большое число заражений COVID-19 по всему миру предоставляет вирусу множество возможностей для постепенных небольших изменений. Каждый зараженный человек — это, по сути, дополнительный шанс для возникновения нового штамма SARS-CoV-2. «Это имеет отношение к эволюции, но в первую очередь — это вопрос эпидемиологии», — говорит Лоринг. В целом «вирус совершенствуется в своей роли».