rt lamp тест на коронавирус что это

3 вида тестов на коронавирус: преимущества и различия

Статья размещена: 11 Ноября 2021

Последнее изменение: 05 Октября 2020

Быстрая и надежная диагностика Covid-19 – это первый шаг к его лечению и профилактике. Чтобы определить наличие вируса в организме, применяются разные методы исследования. К ним относится экспресс-тестирование на антитела, методика ПЦР и LAMP. Здесь всего за несколько минут вы сможете узнать, какой из этих тестов более эффективный, как они проводятся и сколько занимают по времени.

ПЦР-тест

Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) является более точным способом выявления инфекции Covid-19. В отличие от других способов диагностики он направлен не на обнаружение антител, вырабатываемых организмом при заболевании, а непосредственно на сам вирус. Это позволяет определить, болеет человек коронавирусной инфекцией в настоящий момент или нет. ПЦР-тест наиболее эффективен в том случае, если он сделан в течение 7-10 дней с возникновения первых симптомов инфекционного заболевания.

Как проводится тест ПЦР? Забор биоматериала из носоглотки для исследования производится при помощи тампона. Для этого необходимо обратиться в лабораторию или вызвать специалистов частной клиники на дом (например, если вы не хотите контактировать с другими людьми).

Кому рекомендуется тестирование ПЦР? Если вы контактировали с человеком, болеющим Covid-19.

Через сколько будут известны результаты исследования? В среднем, для получения результатов необходимо около 24 часов. При обращении в государственные лаборатории срок ожидания может увеличиться до 2-3 дней и более.

Насколько точно тестирование ПЦР? Это самый надежный метод выявления Covid-19. По данным исследований, клиническая чувствительность тестов составляет около 80%, поэтому получение ложноотрицательного или ложноположительного результата сведено к минимуму.

Тест на антитела к Covid-19

При проникновении вируса в организм иммунная система начинает вырабатывать специфические антитела (Ig – иммуноглобулины), предназначенные для защиты от инфекции. Тесты на антитела к Covid-19 определяют их наличие и поэтому позволяют узнать, болеет человек коронавирусом или уже переболел ранее.

Всего в организме человек существует 5 видов антител: IgM, IgG, IgA, IgD, IgE. В основном, при коронавирусной инфекции вырабатываются:

Для тестирования на антитела применяется иммуноферментный (ИФА) либо иммунохемилюминесцентный (ИФЛА) анализ. Это экспресс-тестирование, показывающее количество антител IgM и IgG. Проводится в лаборатории или в домашних условиях, если вызвать специалистов частной клиники для забора биоматериала на дом.

Как проводится скрининг? Применяется образец крови, взятой из вены или пальца. Биоматериал и специальный раствор наносится на тест-карту. Результат определяется после полного проявления цветных полос, количество и расположение которых указывает на наличие иммуноглобулинов.

Кому рекомендуется экспресс-тестирование? Министерство здравоохранения России рекомендует пройти тест ИФА:

Через сколько будут известны результаты исследования? В течение 10-15 минут. Скорость – это главное преимущество исследований на антитела, поэтому методы ИФА и ИФЛА остаются одними из самых популярных при диагностике коронавирусной инфекции.

Насколько точно исследование на антитела? Точность методов ИФА и ИФЛА достигает 60-65%. Чаще всего получение ложноотрицательного или ложноположительного результата связано с неправильным забором биоматериала, поэтому обращайтесь только к профессионалам.

Метод LAMP

Метод петлевой изотермической амплификации (LAMP) считается «упрощенной» версией исследования ПЦР. Относится к тест-системам, при этом производители настаивают на том, что их точность составляет 94%. Методика LAMP также основана на том, что РНК вируса достраивается до ДНК, а затем происходит копирование при постоянной температуре 65 °C. Исследование проводится в лабораторных исследованиях.

Как проводится LAMP? Чтобы определить Covid-19 этим методом, происходит забор биоматериала из носоглотки. Затем для получения точного результата к нему добавляются праймеры (фрагмент нуклеиновой кислоты) и состав исследуется в лабораторных условиях.

Кому рекомендуется диагностика LAMP? Тем, кто контактировал с лицами, больными Covid-19, а также людям, входящим в группу риска (например, пожилым людям и тем, у кого имеются тяжелые хронические заболевания).

Через сколько будут известны результаты? В течение 20-40 минут. Метод LAMP на данный момент не применяется в государственных лабораториях. Однако его используют в частных клиниках для подтверждения результатов экспресс-тестирования.

Насколько точно исследование LAMP? Данные об эффективности этого метода диагностики отсутствуют. Однако, по мнению многих специалистов, его точность схода с методикой полимеразной цепной реакции (ПЦР).

Какой способ диагностики лучше?

Все методы, применяемые для выявления Covid-19, успешно применяются в диагностике заболевания. Они отличаются по методу и показаниям к проведению, а также по длительности получения результатов. Однако применяются в разных случаях, поэтому имеют равную эффективность.

Если вы находитесь в тесном контакте с человеком, болеющим коронавирусом, рекомендуется ПЦР-исследование. В отличие от остальных методик оно занимает больше времени, но позволяет получить максимально точные данные.

Если вы хотите узнать, переболели ли уже Covid-19, рекомендуется экспресс-тест на антитела. Он занимает минимум времени и позволяет узнать, на какой стадии развития находится заболевание, и переболели ли вы им раннее (например, если коронавирус прошел в бессимптомной форме).

Если вы входите в группу риска заражения Covid-19, рекомендуется экспресс-тест на антитела или исследование LAMP. Обе методики быстро проводятся и имеют сравнительно высокую эффективность, поэтому вероятность получения ложного результата минимальна.

Полезные рекомендации

Самое важное – это выбрать лабораторию. Обращайтесь только в надежные места, чтобы быть уверенным в точности диагностики. В 2020 году исследования проводят как государственные лаборатории, так и частные клиники. В последнем случае вы можете вызвать специалистов для забора биоматериала на дом и гораздо быстрее получите результаты

Следующий нюанс – это момент сбора биоматериала. Если он будет проведен неправильно, то возрастет риск получения ложного положительного или ложного отрицательного результата. Чтобы этого избежать, необходимо соблюдать некоторые правила:

Если результаты оказались положительными, то не паникуйте. Своевременное обнаружение Covid-19 обеспечивает быстрое лечение. При обращении в частные клиники оно разрабатывается индивидуально, поэтому позволяет быстро побороть вирус и избежать дальнейшего развития инфекции.

Источник

RT-LAMP тесты на коронавирус Covid-19. Как это работает, и где сдать анализ?

Тест RT-LAMP на КОВИД представляет собой метод амплификации нуклеиновых кислот. По сути, это выделение РНК из ДНК человека с целью обнаружить инфекцию коронавируса. Представленная методика является достоверным способом определить наличие SARS. Если человек заразился или перенес заболевание, процедура покажет соответствующий результат. Он может быть ложноотрицательным только в случае, если тест был сделан в инкубационный период.

RT-LAMP тест на коронавирус. Какие тесты существуют сейчас?

Роспотребнадзором на сайте была опубликована информация по тестам на диагностику коронавируса.

ПЦР (PCR) или экспресс тест RT-LAMP. Это исследование полимеразной цепной реакции, которое основано на извлечении РНК на молекулярном уровне. Таким образом, методика позволяет выявить следующие состояния человека:

Интересно, что метод дает отрицательные результаты в следующих ситуациях:

Исследование проводится в условиях лаборатории, необходимо сдавать мазки из носовой и ротовой полости. Методика полностью неинвазивная и безболезненная. Так же на данный момент в клиниках применяются следующие виды анализов:

Заметим, что для ученых до сих пор остается загадкой, как долго в крови остаются антитела к новому CoV, насколько сильно они защищают организм от вируса, насколько это хорошо. Отмеченный анализ проводится посредством изучения образцов крови пациента.

Как сделать тест RT-LAMP на Covid-19?

Для тестирования можно обратиться в клинику, и получить консультации. Проведение тестов не требует специальной подготовки, однако за несколько часов до процедуры следует избегать следующих действий:

Процедура не имеет каких-то противопоказаний для детей и взрослых. Ее можно пройти в любом возрасте.

В нашей клинике персонал использует все меры по индивидуальной защите. При входе вы сможете воспользоваться новыми масками и защитными перчатками, все анализы берутся с соблюдением последних стандартов безопасности. Платный тест на коронавирус посредством RT-LAMP можно пройти как в клинике, так и в домашних условиях.

При обращении в клинику вам потребуется получить всю актуальную информацию, которая предоставляется по указанным телефонам. Во втором случае вы можете позвонить консультантам, договориться о подходящем виде тестирования и вызвать медэксперта на дом.

Когда может потребоваться платный тест RT-LAMP?

Мы рекомендуем нашим пациентам проходить тест на коронавирусную инфекцию, если наблюдается:

Вообще, симптомы вируса весьма схожи с симптоматикой гриппа. Но при коронавирусе легкие простудные признаки легко могут перерасти в атипичную пневмонию, которая часто приводит к летальным исходам, в особенности, если не предоставлялась адекватная медицинская помощь по всем стандартам здравоохранения.

В группе риска числятся люди:

Тест на коронавирус в поликлинике будет полезным для людей, которые:

Условия нашей клиники позволяют пройти тест очень быстро. Предварительная подготовка не нужна. Мы работаем круглосуточно, и на базе клиники представлено лабораторное оборудование последнего поколения для проведения исследований. Данные в Роспотребнадзор передаются только в случае 100% подтвержденного результата ПЦР-тестирования.

Результаты теста можно получить дистанционно. Вы можете пройти по желанию один тест, а если он окажется положительным, можно пройти быстро повторное исследование. Основной способ передачи результатов – это электронная почта, отправка в личный кабинет клиента. Набор данных вы получите уже через 1-2 дня, если речь идет, скажем, о ПЦР тесте.

Цена теста RT-LAMP на коронавирус: как рассчитать?

Цена тестирования зависит от условий, вида теста, места взятия анализа и других показателей. Сколько стоит сделать тест – вы сможете обсудить этот вопрос в рамках телефонной консультации со специалистами, уточнив подробности и некоторые моменты.

В нашей клинике цена теста RT-LAMP на коронавирус начинается от 2 000 рублей. Цена составляет и 6 000 руб., если, скажем, тестирование проводится в домашних условиях.

Напомним, выявление CoV возможно:

Используются разные типы тестирования, утвержденные Роспотребнадзором. Вид анализа, способ выявления коронавируса оговариваются индивидуально, в зависимости от потребностей пациента. Можно купить дополнительные услуги.

Самым быстрым является экспресс-тест, который проводится на приеме у врача. Он в чем-то напоминает тестирование глюкометром, которое актуально у больных сахарным диабетом, для определения уровня глюкозы в крови. Представленный тест займет всего несколько минут, он обычно используется первым для обнаружения состояния человека. Результат будет известен через 10-15 минут.

Это наиболее сомнительный тест, который требует дальнейших подтверждений посредством ИФА или ПЦР анализов. Лучше сразу сделать два и больше тестов, чтобы на 100% быть уверенным в правильности результатов.

Если интересно, где пройти тест RT-LAMP быстро и с гарантированным результатом, обратитесь по указанным номерам телефонов. Мы предоставим информационные консультации, поможем подобрать вид тестирования, договоримся о дате и месте взятия анализов и предоставим все нужные результаты в любом удобном для вас виде.

Источник

RT-LAMP тесты на коронавирус Covid-19

Диагностировать SARS-CoV-2 (вирусный патоген COVID-19) можно не только с помощью классического тестирования PCR. Ученые разработали новую тест-систему, которая помогает определить коронавирусную инфекцию всего за 30 минут, анализируя биоматериал пациента. Новый метод практичен и не требует дорогостоящего оборудования.

Суть теста RT-LAMP на коронавирус

Изотермическая амплификация с помощью обратной транскрипционной петли (RT-LAMP) – относительно новый метод в молекулярной биологии. Он помогает обнаружить РНК или генетический материал COVID-19 в тестируемом биологическом образце. Это исследование является упрощенной и удешевленной альтернативой стандартного теста ПЦР (полимеразная цепная реакция).

Методика изотермической амплификации, основанная на петле, была изобретена в 2000 году. Она является мощным инструментом для увеличения копий гена в простых условиях, требующих только водяной бани при 58-65°C и 30-60-минутной инкубации.

Скорость получения результата с помощью метода LAMP намного выше, чем у классического теста PCR. Это связано с тем, что все реакции проводятся в одной пробирке. В специальную реакционную смесь добавляют колориметрический индикатор. Если биоматериал инфицирован, специалист невооруженным глазом увидит изменение цвета.

Таким образом, к основным преимуществам петлевой изо­термической амплификации относятся:

Тест RT-LAMP на ковид применяют для более быстрого исследования большого количества людей.

Когда требуется тест на коронавирус

Основные клинические симптомы коронавируса похожи на грипп и другие простудные заболевания.

В России лабораторному исследованию в первую очередь подлежат определенные категории граждан:

Тестирование проходят люди, которые находятся в учреждениях постоянного пребывания (дома-интернаты, кадетские корпуса и т.д.), имеют клинические проявления простудных заболеваний, гриппа. Сотрудники, которые работают в таких организациях, также должны сдавать анализ.

По требованиям Роспотребнадзора, если у человека выявлен коронавирус, для выписки и подтверждения выздоровления необходимо два отрицательных ПЦР-теста.

У многих людей болезнь может протекать бессимптомно, в легкой форме. Инкубационный период длится 2-14 суток (чаще 5-7), после чего у пациента появляются симптомы, характерные для ОРВИ.

Особенно опасно тяжелое течение ковида, при котором часто развивается острый респираторный синдром (Severe Acute Respiratory Syndrome, SARS) на фоне двусторонней пневмонии.

Где пройти тест RT-LAMP на ковид

До недавнего времени в России пройти тест RT-LAMP на Covid-19 можно было бесплатно только по специальным направлениям от врачей в государственных учреждениях. Они выдавались людям, которые имели симптомы ОРВИ, контактировали с зараженными или вернулись из стран с неблагоприятной коронавирусной обстановкой.

На данный момент платный тест на коронавирус можно сделать во многих частных медицинских лабораториях. В коммерческие центры обращаются люди, у которых нет симптомов болезни. Они не могут пройти бесплатный тест на коронавирус в поликлинике, т.к. в государственных учреждениях анализ назначают только при наличии признаков гриппа, респираторных заболеваний.

Узнать цену теста RT-LAMP на коронавирус можно по телефону у оператора или на сайте клиники. Расчет за все услуги ведется только в рублях.

Подготовка к исследованию в клинике

Обязательные условия для анализа – отсутствие контактов с заболевшими COVID-19 в течение 14 дней и симптомов ОРВИ. Тестирование представляет собой мазок из горла или носа. Забор материала проводится при температуре тела не выше 36,9°.

За 3-4 часа до теста:

За час нужно отказаться от курения. Если полость носа заполнена слизью, перед тестированием рекомендуется ее высморкать.

Оставайтесь дома и вызовите бригаду медиков, если у вас повышена температура, кашель, насморк, слабость, головная и мышечная боль.

Тестирование на дому

Пройти тестирование на коронавирусную инфекцию на дому можно людям:

К пациенту выезжает медицинская сестра. Перед забором материала он подписывает документ, в котором соглашается на проведение процедуры. Набор для петлевой изотермической амплификации ДНК и РНК специалист привозит с собой. В него входят:

Набор предназначен для быстрой подготовки реакционной смеси при комнатной температуре.

В частной клинике не берут анализ у людей без симптомов, которые имеют тесный контакт с инфицированными людьми (например, в семье, коллективе на работе). В этом случае согласно рекомендациям Министерства здравоохранения РФ пациенты направляются в больницы.

Результаты тестирования

Ни один из используемых сегодня методов тестирования на COVID‑19 не может дать 100%-но точного результата. Дальнейшие действия медицинского персонала зависят от того, какое заключение выдала лаборатория.

В случае положительного результата тестирования на новую коронавирусную инфекцию:

Если ваш результат анализа будет сомнительным или положительным, по требованию Роспотребнадзора он будет передан в поликлинику по месту жительства.

Также у нас проводится исследование на антитела IgA и IgG к коронавирусу SARS-CoV-2 (COVID-19).

Результаты тестирования могут быть искажены на фоне приема антивирусных препаратов. Отрицательным может быть тест и у лица, только что заразившегося, когда вирус еще не проник дальше слизистых.

В России проведение платного теста RT-LAMP на выявление COVID-19 возможно по предварительной записи, строго по паспорту. Делают его только в лабораториях, которым официально разрешено выполнять такой вид диагностики. Получить подробную информацию о том, сколько точно будет стоить анализ, можно у оператора по телефону. Также цена (в руб) теста RT-LAMP на коронавирус указана в прайсе на сайте.

Источник

#28 Петлевая изотермическая амплификация ДНК и РНК (LAMP и RT-LAMP): решения New England Biolabs

Долгое время основным методом амплификации нуклеиновых кислот оставалась полимеразная цепная реакция (ПЦР). Однако современные подходы к молекулярной диагностике (например, point-of-care) требуют более простых, быстрых и дешевых способов получения результатов, чем ПЦР.

Из этого обзора вы узнаете:

Принцип методов LAMP и RT-LAMP

Оригинальный протокол метода LAMP (Loop-Mediated Isothermal Amplification) был предложен японскими учеными 20 лет 1 назад. Он заключался в использовании для амплификации ДНК четырех олигонуклеотидных праймеров и большого фрагмента Bst ДНК-полимеразы, обладающего сильной вытесняющей активностью.

Четыре праймера должны быть специфичны к 6 участкам целевого фрагмента:
F3 – прямой наружный праймер, комплементарный участку F3c, B3 – обратный наружный праймер, комплементарный участку B3c, FIP – прямой внутренний праймер состоит из двух частей: F1c (5’) и F2 (3’), комплементарных участкам F1 и F2c, соответственно, BIP – обратный внутренний праймер состоит из двух частей: B1c (5’) и B2 (3’), комплементарных участкам B1 и B2c, соответственно.

Процесс амплификации методом LAMP можно разделить на три основных этапа: 1) образование базовой гантелеобразной структуры, 2) этап циклической амплификации, 3) этап элонгации и повторения циклов.

В результате такой реакции образуется множество конкатемеров инвертированных повторов целевого фрагмента, формирующих в пространстве структуры, похожие на цветную капусту (cauliflower-like structures). И если длина участка-мишени обычно составляет 80-250 н.п., то длина конкатемеров может достигать 20 т.п.н. и больше.

Чуть позже авторы метода предложили его усовершенствованную модификацию, предполагающую использование уже 6 праймеров, специфичных к 8 участкам целевого фрагмента. Еще два петлевых праймера LoopF и LoopB должны быть комплементарны последовательностям между участками F1 и F2, а также B1 и B2 фрагмента-мишени. Они вступают в игру на третьем этапе реакции, отжигаясь на одноцепочечных участках образовавшихся ранее петель ДНК и становясь дополнительными центрами инициации полимеризации.

Также разработчики LAMP показали, что в качестве матрицы можно использовать и РНК, если добавить в реакционную смесь обратную транскриптазу. Такой вариант метода называется RT-LAMP (reverse transcription—coupled LAMP). Позднее компания New England Biolabs разработала версию 3.0 Bst ДНК-полимеразы, обладающую ревертазной активностью и исключающую необходимость использования в реакции еще одного фермента (см. ниже).

Пожалуй, самой сложной частью дизайна LAMP-эксперимента является подбор праймеров. И даже встречаются рекомендации тестировать не один комплект из 4-6 олигонуклеотидов. К счастью, уже разработаны специальные программы для автоматического подбора праймеров для LAMP/RT-LAMP.

Одна из самых популярных программ подобного рода PrimerExplorer доступна онлайн по адресу http://primerexplorer.jp/e/. На этом же ресурсе можно скачать руководство с требованиями к LAMP-праймерам.

Разработка тест-систем на основе LAMP предполагает не только дизайн праймеров, но и определение их оптимальных концентраций. Кроме того, необходимо подобрать концентрацию ионов магния, температуру реакции, подходящий буфер.

Иногда эффективность и специфичность реакции могут повысить дополнительные компоненты, например, L-пролин или Tte UvrD ДНК-геликаза. А для борьбы с контаминацией вследствие переноса можно использовать систему дУТФ/УДГ (см. ниже).

Способы детекции продуктов LAMP/RT-LAMP

Конечно, можно воспользоваться классическим методом агарозного гель-электрофореза. Поскольку в ходе LAMP образуются ДНК-конкатемеры кратной длины, то при их разделении в геле формируется лестница бэндов. Дорожки с отрицательными результатами или отрицательными контролями остаются пустыми (Рис. 3, СЛЕВА). Однако этот способ относительно трудоемок и времязатратен.

Гораздо проще по завершении LAMP окрасить реакционную смесь интеркалирующим красителем (SYBR Green, бромистый этидий, пропидиум йодид, PicoGreen и др.) и посмотреть на нее в УФ свете (Рис. 3, ПО ЦЕНТРУ). Более того, следить за изменением флуоресценции окрашенной реакционной смеси можно прямо в ходе процесса с помощью реал-тайм амплификатора или специального реал-тайм флуориметра для LAMP (Рис. 3, СПРАВА).

Некоторые исследователи используют для реал-тайм LAMP/RT-LAMP не красители, а различные варианты FIP или BIP флуоресцентных зондов. В частности, для мультиплексной реал-тайм LAMP/RT-LAMP были предложены FIP/BIP DARQ-зонды 3 (Рис. 4).

Также о результатах LAMP/RT-LAMP можно судить по косвенным признакам. Например, в ходе полимеризации ДНК активно образуется побочный продукт реакции – пирофосфат. При его взаимодействии с ионами магния в реакционной смеси образуется нерастворимая соль, замутняющая раствор. Если реакция идет достаточно долго, то это помутнение можно увидеть даже невооруженным глазом. Но для быстрой детекции продуктов по мутности рекомендуется использовать реал-тайм турбидиметр (Рис. 5).

Другими побочными продуктами, которые накапливаются в большом количестве, являются протоны. И если используемый буфер обладает не очень большой емкостью, pH раствора может заметно сдвинуться в кислую сторону.

Этот эффект лег в основу колориметрического метода детекции продуктов LAMP с помощью pH-чувствительных красителей (например, фенолового, крезолового или нейтрального красного). Будучи добавленными в реакционную смесь, они меняют свой цвет в ходе реакции (см. ниже).

О других методах детекции продуктов LAMP вы можете узнать из статьи Becherer et al. 4

Преимущества LAMP/RT-LAMP перед ПЦР для молекулярной диагностики

В таблице ниже мы сравнили методы LAMP и ПЦР по основным характеристикам, имеющим значение для современной молекулярной диагностики.

*При использовании Bst 3.0 ДНК-полимеразы от NEB

Для эффективной LAMP-амплификации достаточно меньше 10 копий целевого участка в исходной реакционной смеси. И иногда из-за меньшей чувствительности к примесям и ингибиторам в качестве образца можно использовать даже грубые лизаты и биологические жидкости.

Продукция New England Biolabs для LAMP/RT-LAMP

В качестве продуктов для LAMP/RT-LAMP New England Biolabs предлагает различные версии Bst ДНК-полимеразы с буферами, готовые наборы, а также вспомогательные компоненты для увеличения специфичности и борьбы с контаминацией.

Bst ДНК-полимераза, большой фрагмент (арт. M0275 L/S/M)

Bst 2.0 ДНК-полимераза (арт. M0537 L/S/M)

Эта разработанная in silico, усовершенствованная версия Bst ДНК-полимеразы характеризуется повышенной скоростью амплификации и увеличенным выходом реакции. Также фермент отличается большей термостабильностью и толерантностью к концентрации соли, что обеспечивает гибкость условий реакции.

Bst 2.0 WarmStart® ДНК-полимераза (арт. M0538 L/S/M)

Представляет собой вариант Bst 2.0 ДНК-полимеразы, который при температуре ниже 45°C нековалентно связан с аптамером, ингибирующем его активность. Это позволяет готовить реакционную смесь при комнатной температуре, не опасаясь преждевременного начала полимеризации.

Bst 3.0 ДНК-полимераза (арт. M0374 L/S/M)

Представляет собой еще более усовершенствованную версию Bst ДНК-полимеразы. Помимо всех преимуществ Bst 2.0 ДНК-полимеразы фермент обладает сильной ревертазной активностью вплоть до температуры 72°C. Это позволяет ставить реакцию RT-LAMP без добавления обратной транскриптазы.

Таблица сравнения различных версий Bst ДНК-полимеразы New England Biolabs

Набор для петлевой изотермической WarmStart® амплификации ДНК и РНК (арт. E1700 L/S)

Набор включает в себя готовую реакционную смесь для LAMP и RT-LAMP. Всё, что вам нужно будет в нее добавить, – матрицу, смесь праймеров и воду. Набор совместим с различными методами детекции. В комплект поставки входит флуоресцентый краситель для измерения флуоресценции продуктов в режиме реального времени.

Готовая смесь для колориметрической петлевой изотермической WarmStart® амплификации ДНК и РНК (арт. M1800 L/S)

Готовая смесь содержит Bst 2.0 WarmStart® ДНК-полимеразу, WarmStart® RTx обратную транскриптазу, буфер с низкой емкостью, дНТФ и pH-чувствительный краситель. Детекция продуктов осуществляется колоримерическим методом: смеси, в которых накапливается продукт, в ходе реакции меняют свой цвет с красного на желтый.

WarmStart® RTx обратная транскриптаза (арт. M0380 L/S)

Эта ревертаза была специально разработана для RT-LAMP, хотя ее можно использовать и для обычного синтеза кДНК. Одно из достоинств фермента – отсутствие активности при комнатной температуре.

Tte UvrD ДНК-геликаза (арт. M1202 S)

Эта термостабильная геликаза из бактерий Thermoanaerobacter tengcongensi способна расплетать широкий спектр дцДНК-субстраторв. При добавлении в реакционную LAMP/RT-LAMP-смесь она может существенно повышать специфичность амплификации.

Антарктическая термолабильная урацил-ДНК-гликозилаза (арт. M0372 L/S)

Поскольку LAMP/RT-LAMP – это очень чувствительный метод, то вероятность контаминации смеси продуктами предыдущих реакций для него еще больше, чем для ПЦР. И это нужно учитывать при организации рабочего пространства и дизайне эксперимента.

Помимо стандартных мер предосторожности, одним из способов борьбы с контаминацией вследствие переноса является добавление в реакционную смесь дУТФ и предварительная обработка реакционных смесей антарктической термолабильной урацил-ДНК-гликозилазой.

Она высвободит урацил из продуктов предыдущих LAMP, если те попали в новую реакционную смесь. Во время основной реакции этот термолабильный фермент уже будет неактивен, а фрагменты ДНК с абазическими сайтами претерпят гидролитическое расщепление.

Также для LAMP/RT-LAMP вам могут понадобиться

Примеры использования продукции New England Biolabs для LAMP/RT-LAMP

Список литературы

Акции

Источник