pdb формат что это такое
Что такое файл PDB?
Файл с расширением PDB – это, скорее всего, файл, созданный в формате программной базы данных, который используется для хранения отладочной информации о программе или модуле, например, DLL или EXE-файл. Их иногда называют символьными файлами.
Файлы PDB отображают различные компоненты и операторы в исходном коде в свой конечный скомпилированный продукт, который затем может использоваться отладчиком для поиска исходного файла и местоположения в исполняемом файле, в котором он должен остановить процесс отладки.
Вместо этого некоторые файлы PDB могут быть в формате файла Protein Data Bank. Эти файлы PDB представляют собой простые текстовые файлы, которые хранят координаты относительно структур белка.
Как открыть файл PDB
Различные программы используют свой собственный файл PDB для хранения данных в некотором виде структурированной базы данных, поэтому каждое приложение используется для открытия своего собственного типа файла PDB. Geneious, Intuit Quicken, Microsoft Visual Studio и Pegasus – вот лишь несколько примеров программ, которые могут использовать файл PDB в качестве файла базы данных. Radare и PDBparse могут также работать для открытия файлов PDB.
Некоторые файлы PDB хранятся в виде обычного текста, например файлы базы данных отладки программы Geneious, и полностью читаемы человеком, если открыты в текстовом редакторе. Вы можете открыть этот тип файла PDB с помощью любой программы, которая может читать текстовые документы, например, встроенной в Windows программы «Блокнот». Некоторые другие средства просмотра и редактирования файлов PDB включают Notepad ++ и Brackets.
Другие файлы базы данных PDB не являются текстовыми документами и полезны только при открытии с программой, для которой они предназначены. Например, если ваш файл PDB каким-либо образом связан с Quicken, попробуйте использовать это программное обеспечение для просмотра или редактирования файла PDB. Visual Studio ожидает увидеть файл PDB в той же папке, что и файл DLL или EXE.
С помощью Avogadro вы можете просматривать и редактировать файлы PDB, являющиеся файлами банка протеиновых данных, в Windows, Linux и macOS. Jmol, RasMol, QuickPDB и USCF Chimera также могут открывать файл PDB. Поскольку эти файлы представляют собой простой текст, вы можете открыть файл PDB и в текстовом редакторе.
Как конвертировать файл PDB
Файлы базы данных программы, скорее всего, не могут быть конвертированы в другой формат файла, по крайней мере, с помощью обычного инструмента конвертации файлов. Вместо этого, если есть какой-либо инструмент, который может конвертировать этот тип файла PDB, это была бы та же самая программа, которая может открыть его.
Например, если вам нужно преобразовать файл базы данных PDB из Quicken, попробуйте использовать эту программу для этого. Однако этот тип преобразования, вероятно, не только мало полезен, но и не поддерживается в этих приложениях базы данных (т. Е. Вам, вероятно, не нужно преобразовывать этот тип файла PDB в любой другой формат).
Если вам не нужна цветная модель, вы можете экспортировать файл PDB напрямую в STL с помощью USCF Chimera (ссылка для скачивания приведена выше). В противном случае вы можете использовать тот же метод, что и выше (с MeshLab), чтобы конвертировать PDB в WRL с USCF Chimera, а затем экспортировать файл WRL в STL с MeshLab.
Преобразовать PDB в PDF или EPUB, если у вас есть файл PalmDOC, можно несколькими способами, но проще всего, вероятно, использовать онлайн-конвертер PDB, такой как Zamzar. Вы можете загрузить свой файл PDB на этот веб-сайт, чтобы иметь возможность конвертировать его в эти форматы, а также в форматы файлов AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT и другие.
Преобразовать файл PDB в формат FASTA можно с помощью онлайн-конвертера Meiler Lab в PDB в FASTA.
Также возможно конвертировать PDB в CIF (формат кристаллографической информации) онлайн, используя PDBx/mmCIF.
Расширенное чтение файлов PDB
Вы можете прочитать намного больше о файлах базы данных программ от Microsoft, GitHub и Wintellect.
Также есть больше информации о файлах Protein Data Bank; см. Всемирный банк протеиновых данных и RCSB PDB.
Ваш файл все еще не открывается?
Файлы PDB, которые не открываются ни одним из перечисленных выше инструментов, скорее всего, не являются файлами PDB. Может случиться так, что вы неправильно читаете расширение файла; некоторые форматы файлов используют суффикс, который очень похож на «.PDB», когда они действительно не связаны и не работают одинаково.
Например, файл PDF является файлом документа, но большинство программ из приведенного выше не будут корректно отображать текст и/или изображения, если вы попытаетесь открыть их с помощью этих программ. То же самое верно и для других файлов с одинаковыми расширениями файлов, таких как файлы PD, PDE, PDC и PDO.
PBD – это еще одна программа EaseUS Todo Backup, поэтому она полезна только при открытии с этим программным обеспечением.
Если у вас нет файла PDB, изучите расширение файла, которое есть у вашего файла, чтобы вы могли найти соответствующую программу, которая открывает или конвертирует его.
Файлы формата PDB открываются специальными программами. Существует 4 типа форматов PDB, каждый из которых открывается разными программами. Чтобы открыть нужный тип формата, изучите описания файлов и скачайте одну из предложенных программ.
Чем открыть файл в формате PDB
Формат PDB может быть нескольких основных модификаций:
Данный формат может быть присвоен как файлам, содержащим набор структурированных данных, так и обычным программным приложениям, которые прошли процесс синхронизации на базе ОС Palm. По своей сути, расширение PDB – репозиторий, которое может содержать практически любой тип данных: текстовый документ, исполнительную программу, файл базы данных и.т.д. Отличить тип внутреннего формата файла ОС Palm позволяет уникальный заголовок в виде специального кода. В качестве PDB формата могут выступать даже электронные справочники (чаще всего MOBI).
Форматирование PDB расширения поддерживается только на базе “родной” ОС Palm, однако воспроизвести его на платформе другой операционной системы можно с использованием некоторых браузеров, самыми популярными среди которых являются XnView и Palm Desktop. Допускается и сетевая загрузка PDB файла посредством специализированных Интернет-ресурсов.
Основное практическое назначение данного формата – это хранение и обмен данными между пользователем и международным реестром Protein Data Bank.
PDB файлы доступны для визуализации, форматирования и графического наполнения с использованием целого ряда специализированных программных комплексов молекулярного анализа, например, Avogadro или Richardson Lab KiNG.
Программы для открытия PDB файлов
В зависимости от своего практического назначения и конкретной модификации, PDB расширение может быть сгенерировано и открыто для редактирования с использованием следующих программных комплексов:
Для случаев, когда PDB файл представляет собой файл базы данных, ассоциирующийся с платформой Palm OS, можно воспользоваться следующими программными утилитами:
Примечательно, что расширение адаптировано и для использования на платформе Linux c помощью программных приложений txt2pdbdoc и XnView.
Когда PDB файл применяется в качестве “Базы данных протеинов и белков”, могут быть использованы следующие утилиты:
Следует отметить, что расширение может использоваться и на платформе Linux c помощью целого комплекса программных приложений, включая Mozilla Firefox with JmolApplet or Protein Workshop applet, Richardson Lab KiNG, RasMol, Jmol и Avogadro.
Если PDB формат относится к категории файлов Program Database (файлы базы данных), то для редактирования файла в ОС Windows можно использовать программы Intuit Quicken, Microsoft Visual Studio 2010 и Mint.com.
Редактирование PDB файлов поддерживается и на базе ОС Mac с помощью Mint.com и Intuit Quicken Essentials for Mac.
Для случаев, когда PDB расширение ассоциируется с категорией файлов резервной копии базы данных, воспроизвести файл на платформе ОС Windows можно с помощью программного комплекса Sybase PowerDesigner.
Если при открытии расширения PDB возникает ошибка, причины могут заключаться в следующем:
Конвертация PDB в другие форматы
Несмотря на то, что PDB расширение имеет большое число самых разнообразных исполнений и модификаций, его конвертация в другие форматы поддерживается только в ряде случаев, в частности, когда PDB файл представляет собой файл базы данных, ассоциирующийся с платформой Palm OS.
С помощью интегрированных в Richardson Lab KiNG, Jmol и Avogadro конвертеров будет доступна трансляция данных:
Для того чтобы транслировать данные из PDB, можно воспользоваться одним из онлайн-конвертеров, например, Onlineconvertfree.
Во всех остальных случаях преобразование формата не поддерживается. Попытки конвертации расширения в другой формат могут не только не дать никаких практических результатов, но и повредить исходный файл.
Почему именно PDB и в чем его достоинства?
Приходится констатировать, что PDB-расширение не является столь популярным и востребованным форматом среди обычных пользователей. Однако формат может быть востребован в нескольких узкоспециализированных областях.Он широко используется в качестве:
Стандартный формат данных, используемый несколькими различными программами на устройствах PDA на основе Palm. Может хранить различные типы данных, такие как электронные книги, документы обработки текста, крупноформатные таблицы, базы данных, карты и файлы изображений.
Чтобы определить, в какой программы был создан файл PDB, откройте его в текстовом редакторе. Коды Типа и Создателя должны размещаться в заголовке файла вверху документа.
Чем открыть файл в формате PDB (Palm Desktop Database File)
.pdb Расширение файла
Тип файла1 Program Database
This file is saved in a binary format, which requires a specific program to read its contents.
Что такое PDB файл?
Файлы PDB, используемые различными программами, обычно сохраняются в проприетарном формате, то есть они могут быть открыты только программой, с которой они были установлены. Например, файл Intuit Quicken PDB не распознается Microsoft Visual Studio.
Visual Studio использует файлы PDB для хранения отладочной информации о программе, включая информацию о символах, которая слишком велика для хранения в программе сам. Информация о символе состоит из списка всех символов в программном модуле с адресами, именем файла и линией, в которой был объявлен символ. Вы можете использовать Visual Studio для загрузки информации из файла PDB для отладки программы.
Тип файла2 Protein Data Bank File
This file is saved in a binary format, which requires a specific program to read its contents.
.PDB вариант № 2
Файл данных, созданный в формате банка белков (PDB); хранит 3D-координаты, определяющие структуру атомов в белке или другом химическом соединении; используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур; также используется Исследовательской коллегией для структурной биоинформатики (RCSB) для изучения биологических макромолекул.
Многие файлы банка данных протеина доступны через Всемирный банк данных о белках (wwPDB), организации, которая архивирует макромолекулы и свободно распространяет их.
ПРИМЕЧАНИЕ. Файлы PDB часто просматриваются в пределах Java-апплет, который использует Jmol, пакет визуализации молекул с открытым исходным кодом. Файлы PDB также поддерживаются некоторыми плагинами браузера молекулярного просмотра.
PDB — это не только ценный мех
Представьте себе, вам необходимо доработать некую очень полезную программу без SDK, но по счастливому стечению обстоятельств рядом завалялся PDB файл.
(Беременным и детям не читать!)
Скажу сразу, выход есть (Ваш КО). То что комитет не в состоянии осилить десятками лет (рефлексия не нужна), ужасный M$ разработал/раздобыл 100 лет назад, а именно DIA SDK. В комплекте есть DIA2Dump.exe который порадует глаз любого художника. Остается доработать его напильником…
Для начала нам нужны кошечки.
Автор своими кривыми ручками немного доработал DIA2Dump (pdb-ripper на гитхабе, Achtung г*вн*код. ) и теперь он выдает кое-что пригодное к использованию:
Что тут интересного?
В случае вызова виртуального метода все просто, адрес уже лежит в таблице по индексу метода:
Для невиртуальных методов необходимо извлечь RVA из PDB файла и ткнуть носом компилятор:
Что такое _drva? Мы знаем только RVA (смещение) функции относительно базы, а нужен полноценный виртуальный адрес:
Зачем xcast? Методы в плюсах вызываются по __thiscall и необходимо доступно объяснить компилятору кто тут самый умный. По факту кастуем void* в указатель на метод, this передается скрыто первым параметром:
Далее нужно внедрить наш собственный код в процесс victim.exe используя стандартные техники которые тут обсуждаться не будут. Смысл один — некий код будет выполнен в адресном пространстве victim.exe.
Остается хукнуть удобный метод/функцию где есть доступ к нужным объектам… Или найти глобальные переменные 😀
Как эта фигня используется в реальности:
Далее автор упоролся по хардкору и решил не просто доработать некую очень полезную программу, а отреверсить ее полностью 😀
Pdb формат что это такое
Название (англ.): Palm Desktop Database File
Название (рус.): Файл базы данных Palm Desktop
Описание: PDB также известный как Palm Desktop Database File представляет собой формат файла базы данных используемый в операционной системе Palm OS. Разработчиком данного формата является Palm – американская компания, специализирующаяся на производстве программного обеспечения для ОС Palm, а также смартфонов и карманных компьютеров. Файлы этого типа используются для хранения различных данных. Их внутреннее содержимое может быть представлено графикой, текстом, картами, базами данных и т.п. Форматом поддерживается форматирование текста, а также использование стилей шрифтов. В Windows файлы PDB могут быть открыты с помощью XnView, Calibre и некоторых других программах.
Для открытия (редактирования) файла этого формата можно использовать следующие программы:
Формат 2
Название (англ.): Program Database File
Название (рус.): Файл базы данных
Разработчик: Нет данных
Описание: PDB или Program Database File представляет собой формат файла базы данных. Файлы этого типа могут быть используемы различным программным обеспечением, к примеру, такими приложениями как MS Visual Studio, Intuit Quicken. Содержащаяся в них информация хранятся в строго структурированном виде. Как правило, файлы PDB сохраняются в собственном формате. При этом конкретный PDB-файл может быть открыт только той программой, которая его создала. Например, PDB-файл, созданный с помощью Microsoft Visual Studio нельзя будет открыть в Palm Pilot.
Для открытия (редактирования) файла этого формата можно использовать следующие программы:
Формат 3
Название (англ.): Protein Data Bank File
Название (рус.): Данные молекул белков и нуклеиновых кислот
Описание: PDB также известный как Protein Data Bank File представляет собой специальный формат файла данных. Файлы этого типа можно встретить в программах, предназначенных для хранения результатов исследований в сфере биологии и биохимии. Разработчиком данного формата является wwPDB. Внутреннее содержимое PDB-файлов представлено трехмерными координатами, описывающими атомную структуру белкового или другого химического соединения. В настоящее время формат PDB является стандартным форматом хранения данных, полученных в результате изучения белковых соединений. Просмотреть файлы PDB можно с помощью специальных программ QuteMol, RasMol или Avogadro.
Для открытия (редактирования) файла этого формата можно использовать следующие программы:
Формат 4
Название (англ.): PowerDesigner Database Backup File
Название (рус.): Резервная копия базы данных PowerDesigner
Описание: PDB иначе PowerDesigner Database Backup File представляет собой собственный формат файла резервной копии используемой в PowerDesigner – профессиональном программном инструменте для создания моделей данных и разработки архитектуры предприятий. Разработчиком формата является Sybase – американская компания, специализирующаяся на производстве программного обеспечения для управления базами данных. Внутреннее содержимое файла PDB обычно представлено информацией из базы данных, а также ссылками на другие файлы. Предназначаются PDB-файлы для создания резервной копии основной базы данных. Открыть их можно с помощью «родной» программы PowerDesigner.
Для открытия (редактирования) файла этого формата можно использовать следующие программы: