ncbi что это такое

Национальный центр биотехнологической информации

Национальный центр биотехнологической информации США (англ. National Center for Biotechnological Information, NCBI ).

Основан в 1988 году в Бетесда (штат Мэриленд, США) как центральный институт обработки и хранения данных молекулярной биологии. Является частью Национальной медицинской библиотеки США (англ.) русск. (англ. United States National Library of Medicine, NLM ), подраздела Национальных институтов здоровья (англ. National Institutes of Health, NIH ).

NCBI предоставляет информацию о базах данных белковых доменов, ДНК (GenBank) и РНК, базах данных статей научной литературы (PubMed) и таксономичной информации (TaxBrowser), обеспечивает поиск данных о конкретном биологическом виде (Taxonomy). Также содержит различные стандартные программы биоинформатики (BLAST). Базы данных доступны через поисковую систему Entrez.

Задачи NCBI

Ежегодно под эгидой NCBI проводятся семинары и научные конференции, посвящённые проблемам молекулярной биологии, генетики, биомедицины. NCBI занимается образовательной деятельностью, в том числе в режиме on-line.

Литература

Ссылки

Полезное

Смотреть что такое «Национальный центр биотехнологической информации» в других словарях:

Национальные институты здравоохранения США — Логотип Национальных институтов здоровья Национальные институты здоровья (англ. National Institutes of Health (NIH)) учреждение Департамента здравоохранения Соединенных Шт … Википедия

PubChem — URL … Википедия

International Plant Names Index — (IPNI) URL: http://www.ipni.org/index.html Коммерческий: Нет Тип сайта: База данных … Википедия

Энциклопедия жизни — Encyclopedia of Life Энциклопедия жизни URL … Википедия

Australian Plant Name Index — (APNI) URL: http://www.cpbr.gov.au/apni/ Коммерческий: Нет Тип сайта: База данных … Википедия

Биология — У этого термина существуют и другие значения, см. Биология (значения). Биология (греч. βιολογία βίο, био, жизнь; др. греч. λόγος учение, наука) система наук, объектами изучения которой являются живые существа и их взаимодействие с… … Википедия

Проект «Геном человека» — Логотип проекта Проект по расшифровке генома человека (англ. The Human Genome Project, HGP) международный научно исследовательский проект, главной целью которого было опр … Википедия

Биолог — Биология (с греческого βιολογία βίος, биос, «жизнь»; λογία, логия, «наука») наука о жизни, одна из естественных наук, предметом которой являются живые существа и их взаимодействие с окружающей средой. Биология изучает все аспекты жизни, в… … Википедия

Источник

В Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) [1] [2] является частью Национальная медицинская библиотека США (NLM), филиал Национальные институты здоровья (НАЦИОНАЛЬНЫЕ ИНСТИТУТЫ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ США). NCBI находится в Бетесда, Мэриленд и была основана в 1988 году в соответствии с законом при поддержке сенатора Клод Пеппер.

Содержание

GenBank

NCBI несет ответственность за предоставление доступа к GenBank ДНК база данных последовательностей с 1992 г. [5] GenBank координирует свои действия с отдельными лабораториями и другими базами данных последовательностей, такими как Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL) и Банк данных ДНК Японии (DDBJ). [5]

С 1992 года NCBI расширился, чтобы предоставить другие базы данных в дополнение к GenBank. NCBI предоставляет Ген, Онлайн-менделевское наследование в человеке, База данных молекулярного моделирования (трехмерные структуры белков), dbSNP (база данных однонуклеотидные полиморфизмы), Коллекция эталонных последовательностей, карта человеческий геном, а таксономия браузер, и координирует свои действия с Национальным институтом рака, чтобы обеспечить проект анатомии генома рака. NCBI присваивает уникальный идентификатор (идентификационный номер таксономии) каждому виду организмов. [6]

Книжная полка NCBI

Книжная полка NCBI [7] представляет собой коллекцию свободно доступных, загружаемых онлайн-версий избранных биомедицинских книг. Книжная полка охватывает широкий круг тем, включая молекулярная биология, биохимия, клеточная биология, генетика, микробиология, болезненные состояния с молекулярной и клеточной точки зрения, методы исследования и вирусология. Некоторые из книг являются онлайн-версиями ранее опубликованных книг, а другие, например Перерыв на кофе, написаны и отредактированы сотрудниками NCBI. Книжная полка является дополнением к Entrez PubMed хранилище рецензируемая публикация рефераты в содержимом этой книжной полки предоставляют устоявшиеся взгляды на развивающиеся области исследования и контекст, в котором можно организовать множество разрозненных отдельных частей опубликованных исследований. [ нужна цитата ]

Базовый инструмент поиска местного выравнивания (BLAST)

Entrez

Ген был внедрен в NCBI для характеристики и организации информации о генах. Он служит основным узлом в связке геномной карты, экспрессии, последовательности, функции белка, структуры и данных гомологии. Каждой записи гена присваивается уникальный GeneID, за которым можно следить в циклах пересмотра. Ген записи для известных или предсказанных генов устанавливаются здесь и разграничиваются положениями на карте или нуклеотидными последовательностями. Gene имеет несколько преимуществ по сравнению со своим предшественником, LocusLink, включая лучшую интеграцию с другими базами данных в NCBI, более широкий таксономический охват и расширенные возможности для запроса и поиска, предоставляемые системой Entrez. [12]

Протеин

База данных белков поддерживает текстовые записи для отдельных последовательностей белков, полученные из множества различных ресурсов, таких как проект NCBI Reference Sequence (RefSeq), GenBank, PDB и UniProtKB / SWISS-Prot. Записи о белках представлены в разных форматах, включая FASTA и XML и связаны с другими ресурсами NCBI. Protein предоставляет пользователям релевантные данные, такие как гены, последовательности ДНК / РНК, биологические пути, данные по экспрессии и вариациям, а также литературу. Он также предоставляет заранее определенные наборы подобных и идентичных белков для каждой последовательности, вычисленные с помощью BLAST. База данных структур NCBI содержит наборы трехмерных координат для экспериментально определенных структур в PDB, которые импортируются NCBI. База данных сохраненного домена (CDD) белка содержит профили последовательностей, которые характеризуют высококонсервативные домены в белковых последовательностях. Он также содержит записи из внешних ресурсов, таких как SMART и Pfam.Существует еще одна база данных в белке, известная как база данных кластеров белков, которая содержит наборы последовательностей белков, которые сгруппированы в соответствии с максимальным выравниванием между отдельными последовательностями, рассчитанным с помощью BLAST. [13]

База данных Pubchem

Источник

Сервис Pubmed: как пользоваться эффективно?

Главная » Аспиранту » Сервис Pubmed: как пользоваться эффективно?

Как пользоваться Pubmed, наверняка, знают все студенты, аспиранты и преподаватели медицинских институтов, так как это отличный помощник при написании научных работ. Сервис представляет собой обширную базу полезных публикаций по медицине.

Площадка постоянно обновляется и пополняется новыми ценными материалами, разработчики ведут работы по улучшению функционала, системы поиска и удобства пользования, чтобы каждый ученый без труда смог найти то, что ему нужно.

Из статьи вы узнаете, какие есть особенности и секреты эффективного поиска требуемой информации, чтобы не тратить на это много времени.

1. Сервис Pubmed – что это и зачем нужен?

Площадка Pubmed создана Национальным центром информации о биотехнологиях (NCBI) и представляет собой электронно-поисковую систему с бесплатным доступом к 30 миллионам публикаций из 4800 индексируемых журналов по медицинским тематикам. В базе содержатся статьи, опубликованные с 1960 года по сегодняшний день, включающие сведения с MEDLINE, PreMEDLINE, NLM. Каждый год портал пополняется более чем 500 тысячами новых работ.

Пользоваться Pubmed могут как медики, так и простые читатели, интересующиеся разработками в медицинской сфере. Здесь можно найти тексты по медицине и биологии, в том числе по научным исследованиям и методикам, практическому применению, стоматологии и фармакологии, ветеринарии, сестринскому делу, смежным областям знания (например, ботанике, зоологии).

Сервис содержит ссылки и описания на статьи, рефераты на 30 языках, включая русский.

Использование Pubmed дает следующие преимущества:

2. Эффективное использование ресурса Pubmed

Поисковая система на сайте англоязычная, поэтому и поиск нужной информации необходимо вести на английском языке. Так что для работы с ресурсом нужны, как минимум, базовые знания иностранного.

На портале Pubmed есть встроенное приложение «My NCBI», которое работает не только по поиску материалов, но и по загрузке цитат, с возможностью сохранения заданного алгоритма. История запросов сохраняется на сутки в автоматическом режиме.

Можно выполнить настройку, чтобы все новые совпадения автоматически приходили на зарегистрированный электронный адрес. Для этого нужно выполнить несколько простых шагов:

После входа на личную страницу можно просматривать обновления по поиску, которые запрашивались при предыдущем посещении платформы. Для этого необходимо поставить флажок в нужных поисковых полях, а внизу страницы нажать «Show what’s new». В результате загрузится страница со всеми сохраненными поисками.

Как пользоваться поиском?

На поисковой странице приведен список стоп-слов, которые нельзя вводить в строку поиска. Это артикли, предлоги и другие слова, не несущие смысловой нагрузки. В зависимости от выбранного способа поиска информации, в поисковое окно вводится слово, корень слова, фраза, термин, число, буквенная или численная комбинация.

При поиске медицинских терминов удобно в Pubmed использовать логические операторы:

По умолчанию, если в поисковый запрос вводится несколько терминов, и они не являются синонимами, система автоматически применяет логический оператор AND.

Используются в Pubmed также спец. символы:

Еще одна полезная функция – Limits (Ограничения). Если система находит очень много совпадений, можно сократить их количество, введя уточнения по самым разным параметрам: по автору, названию журнала, формату и типу документа, дате публикации, языку текста, полу и возрасту пациента и так далее.

Поставив галочку напротив Limits, можно выбрать требуемые ограничения. По окончании поиска не забывайте убирать флажок, иначе ограничение будет действовать на все последующие запросы.

Результаты поиска отображаются на экране в виде небольших описаний. Есть возможность выбирать, в каком формате они будут показаны. Для вывода полного текста, если он есть в открытом доступе, предусмотрен специальный значок. Можно сохранять и отправлять ссылки на интересующие материалы, для этого нужно нажать на ссылку «Send links to» и выбрать место сохранения:

Таким образом можно скачать как описания статей со ссылками, так и полные тексты научных работ.

3. Виды и способы поиска статей

При пользовании Pubmed есть несколько удобных способов поиска требуемой информации:

Поиск материалов по ключевым словам осуществляется после ввода нужного термина в поисковое окно. Если не указать, в каком разделе нужно искать термин, площадка находит совпадения по слову в нескольких указателях поочередно:

Если ни в одном из четырех указателей не будет найдено совпадений, система выдаст сообщение об их отсутствии «Nо items found».

Чтобы активировать функцию Truncation, то есть поиск по корню слова, необходимо ввести в поисковое окно корень термина, после чего поставить «*». Платформа найдет все слова, где будет одинаковый корень, но разные окончания. Такой способ работает только по одному слову, но не находит совпадения по фразам, а также не учитывает запросы в предметных рубриках.

При поиске материалов по фразам по умолчанию Pubmed находит совпадения и по целым фразам, и по отдельным словам. Если необходимо искать только целую фразу, ее нужно брать в кавычки (» «).

Если используется поиск по автору, следует учитывать ряд особенностей:

С другой стороны, не все ученые пишут свои инициалы при размещении публикации. Если не находите совпадений по фамилии и двум инициалам, но точно знаете, что статьи в базе есть, попробуйте поиск по фамилии и одному инициалу.

При поиске статьи русского автора может возникнуть еще одна сложность – при переводе фамилии и инициалов на английский язык разные переводчики, да и сами авторы, могут использовать разные транслитерации. Чтобы все же найти работы определенного ученого, напишите несколько вариантов фамилии, а между ними используйте логический оператор OR.

Чтобы найти все работы из конкретного журнала, индексируемого в MEDLINE, достаточно ввести в поисковое окно его полное название. Если не знаете точного названия или хотите просмотреть статьи на определенную тематику, воспользуйтесь журнальной базой данных Journals Database. В этой базе есть информация обо всех журналах, входящих в Pubmed, с описанием. Чтобы перейти в журнальную базу данных, нужно нажать на Journals Database в главном поисковом меню слева. В этом разделе поиск выполняется по полному заглавию, аббревиатуре, по любому фрагменту названия, по номеру ISSN. Помимо этого, есть поиск по корню слова.

Чтобы найти определенную статью в выбранном журнале, следует выйти обратно в общее поисковое окно Pubmed, переслав название издания в основную базу. Для этого:

Поиск по предметным рубрикам через соответствующую базу данных (МеSH Database) позволяет находить материалы по точным запросам, ограничиваясь основными терминами, а также выбирать подходящие подрубрики, рассматривать иерархию использования ключевых слов в статьях. Чтобы осуществить поиск, нужно перейти в раздел МеSH Database через главный поисковый экран и ввести интересующий термин. Откроется окно со списком аналогичных ключевых слов и подходящими предметными рубриками, из которых можно выбрать необходимую.

В списке нужной рубрики откроется перечень подрубрик, позволяющих посмотреть на интересующую тематику с разных сторон. Можно ограничиться одной подрубрикой или просматривать статьи сразу в нескольких разделах. Чтобы конкретизировать поиск, существует две команды:

Использование функции Limits при работе с поиском по предметным рубрикам поможет сократить время нахождения полезных источников, так как позволяет выставить ограничения по дате публикации, языку, возрасту пациентов и другим критериям.

Заключение

Каждый студент мединститута и ученый, который занимается медицинскими исследованиями, разработками, должен знать, как пользоваться РubМеd. Эта база – кладезь ценной информации для всех, кто имеет отношение к медицине или просто интересуется ею. Несмотря на то, что сервис англоязычный, разобраться с ним смогут и русские исследователи, достаточно обладать базовыми знаниями иностранного или умело пользоваться словарем.

Площадка постоянно развивается, чтобы облегчать поиск нужной информации для каждого, на ней есть множество полезных функций и инструментов, с помощью которых найти статьи на определенную тематику не составит труда. Если не ограничиваться сервисом PubMed, то можете ознакомиться с нашей подборкой ресурсов для поиска научных статей.

Чтобы наглядно разобраться в том, как пользоваться РubМеd, рекомендуем посмотреть следующие видеоматериалы:

Источник

Computational Biology Branch

NCBI Computational Biology Branch

Research in the NCBI Computational Biology Branch (CBB) focuses on theoretical, analytical, and applied computational approaches to a broad range of fundamental problems in molecular biology and medicine.

Research Overview

The research program in the Computational Biology Branch is carried out by Senior Investigators, tenure track Investigators, Staff Scientists, Postdoctoral Fellows, and students. The program focuses on theoretical, analytical and applied approaches to a broad range of fundamental problems in molecular biology.

The expertise of the group is concentrated in sequence analysis, protein structure/function analysis, chemical informatics, and genome analysis. Research interests further cover a wide range of topics in computational biology and information science. These include, but are not limited to, database searching algorithms, sequence signal identification, mathematical models of evolution, statistical methods in virology, dynamic behavior of chemical reaction systems, statistical text-retrieval algorithms, protein structure and function prediction, comparative genomics, taxonomic trees, population genetics, and systems biology.

Many of the basic research projects conducted by CBB investigators serve to enhance and strengthen NCBI’s suite of publicly available databases and software application tools. Collaborative research efforts, among NCBI investigators as well as with the external research community, have led to the development of innovative algorithms (BLAST, PSI-BLAST, VAST, and COGs), novel research approaches (text neighboring) and fundamental resources (PubChem and CDD) that have transformed the field of computational biology. Algorithms and applications currently under development have the potential to further advance scientific discovery.

Members of the CBB contribute significantly to the validity and reliability of NCBI’s online resources by reviewing the quality and accuracy of the data deposited in the databases, as well as the accuracy of the information used to annotate the data. Members also provide leadership and guidance to the extramural community by planning and organizing scientific consortia to determine the most effective use of public sequence resources for large-scale or high-throughput experimental biology. Researchers collaborate to define new areas of research and identify appropriate computational mechanisms to address them.

Источник

Ncbi что это такое

Download viral genome and protein sequences, annotation and a data report

The most up-to-date set of SARS‑CoV‑2 nucleotide and protein sequences

Use our new Betacoronavirus database for SARS‑CoV‑2 genome sequence analysis

Literature

PubMed

PubMed® comprises more than 33 million citations for biomedical literature from MEDLINE, life science journals, and online books. Citations may include links to full text content from PubMed Central and publisher web sites.

Example searches

Literature databases

Ontology used for PubMed indexing

Books, journals and more in the NLM Collections

Scientific and medical abstracts/citations

Full-text journal articles

Genes

Gene sequences and annotations used as references for the study of orthologs structure, expression, and evolution

Collected information about gene loci

Functional genomics studies

Gene expression and molecular abundance profiles

Homologous genes sets for selected organisms

Sequence sets from phylogenetic and population studies

Proteins

Protein sequences, 3-D structures, and tools for the study of functional protein domains and active sites

Conserved protein domains

Protein sequences grouped by identity

Models representing homologous proteins with a common function

Experimentally-determined biomolecular structures

BLAST

A tool to find regions of similarity between biological sequences

Search nucleotide sequence databases

Search protein seqeuence databases

Search protein databases using a translated nucleotide query

Search translated nucleotide databases using a protein query

Find primers specific to your PCR template

Genomes

Genome sequence assemblies, large-scale functional genomics data, and source biological samples

Genome assembly information

Museum, herbaria, and other biorepository collections

Biological projects providing data to NCBI

Descriptions of biological source materials

Genome sequencing projects by organism

DNA and RNA sequences

High-throughput sequence reads

Taxonomic classification and nomenclature

Clinical

Heritable DNA variations, associations with human pathologies, and clinical diagnostics and treatments

Privately and publicly funded clinical studies conducted around the world

Human variations of clinical significance

Genotype/phenotype interaction studies

Short genetic variations

Genome structural variation studies

Genetic testing registry

Medical genetics literature and links

Online mendelian inheritance in man

PubChem

Repository of chemical information, molecular pathways, and tools for bioactivity screening

Bioactivity screening studies

Chemical information with structures, information and links

Molecular pathways with links to genes, proteins and chemicals

Deposited substance and chemical information

Research news

Q&A: Fluorescence Lets Diatoms Communicate, Coordinate Behavior

The Scientist spoke with physicist and microbial ecologist Idan Tuval, whose recent paper challenges the assumption that these single-celled organisms only communicate via chemical signals.

C.D.C. Virus Tests Were Contaminated and Poorly Designed, Agency Says

An internal review documented two serious flaws in the test kits, which were distributed to public health laboratories in early 2020.

Recent blog posts

NCBI Trace database to be retired in June 2022. Data available in SRA.

The Trace Archive at NCBI will be retired as of June 17, 2022. You may continue to retrieve Trace Archive content by searching the Sequence Read Archive (SRA) using TI number, organism, or center name at the time of retirement. Sequencing technology has matured over the past decade, and Next Generation, high throughput sequencing is … Continue reading NCBI Trace database to be retired in June 2022. Data available in SRA. →

Petabyte-Scale Sequence Search: Metagenomics Benchmarking Codeathon Highlights

The National Institutes of Health (NIH) Office of Data Science Strategy (ODSS), the National Library of Medicine’s (NLM’s) National Center for Biotechnology and Information (NCBI), and the Department of Energy’s (DOE’s) Office of Biological and Environmental Research (BER) hosted scientists from around the world for a virtual Petabyte-Scale Sequence Search: Metagenomics Benchmarking Codeathon. The codeathon, … Continue reading Petabyte-Scale Sequence Search: Metagenomics Benchmarking Codeathon Highlights →

Capturing the Extracellular Matrix in 3D Color

For experienced and aspiring shutterbugs alike, sometimes the best photo in the bunch turns out to be a practice shot. That’s also occasionally true in the lab when imaging cells and tissues, and it’s the story behind this spectacular image showing the interface of skin and muscle during mammalian development.

Источник